Okay, das habe ich gemacht. Mit dem Kniff der Reponummer (inkl. Beispiel) war es besonders praktisch.
Bei mehreren war das Ergebnis leer.
Mehrere Repos davon habe ich dann gelöscht.
Leider musste ich aber feststellen, dass Letzteres bei mir wohl doch ein Fehler war, denn
zypper pa --orphaned zeigte dann, dass mit der Aktion mehrere Pakete verwaist waren.
Somit muss ich nun doch auf die harte Tour lernen … Zum Glück ist dabei dank kleiner Sicherheitsmaßnahmen wohl nichts komplett verloren oder kaputt gegangen.
Und der weitere Austausch mit waspo kommt mir da sehr gelegen; danke auch dafür.
Ein paar Dinge sind mir nach alledem immer noch unklar. Insbesondere der oben beschriebene Fehler, der ja meine ursprüngliche Frage betrifft.
Hierzu erst einmal ein paar Infos zum aktuellen Stand:
Meine Repoliste ist nun halbwegs aufgeräumt, zumindest so, dass sie hier jetzt als Grundlage für die Analyse taugt. Glaubt mir, ihr wolltet sie im Zustand davor nicht sehen 
Im Ernst: Ich wollte erstmal die Repos entfernen, die irrelevant sind (eben die, von denen eh nichts da ist) und nur unnötig verwirren. Nun habe ich diejenigen, deren Löschung zu verwaisten Paketen geführt haben, wieder drin.
$ zypper pa --orphaned
Repository-Daten werden geladen...
Installierte Pakete werden gelesen...
Keine Pakete gefunden.
$ zypper verify
Repository-Daten werden geladen...
Installierte Pakete werden gelesen...
Die Abhängigkeiten aller installierten Pakete sind berücksichtigt.
$ zypper lr -dP
# | Alias | Name | Enabled | GPG Check | Refresh | Priority | Type | URI | Service
---+-----------------------------------------------------------------------------------------------+-----------+---------+-----------+---------+----------+--------+-----------------------------------------------------------------------------------+--------
1 | http:ftp.halifax.rwth-aachen.depackmansuseopenSUSE_Leap_15.5 | Packman | Ja | (r ) Ja | Nein | 70 | rpm-md | http://ftp.halifax.rwth-aachen.de/packman/suse/openSUSE_Leap_15.5/ |
2 | https:download.opensuse.orgrepositoriesgraphics15.5_fuer_pdfsam | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 75 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/graphics/15.5 |
12 | repo-backports-update | Update -> | Ja | (r ) Ja | Nein | 80 | rpm-md | http://download.opensuse.org/update/leap/15.5/backports/ |
18 | repo-openh264 | Open H.-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 80 | rpm-md | http://codecs.opensuse.org/openh264/openSUSE_Leap/ |
21 | repo-sle-update | Update -> | Ja | (r ) Ja | Nein | 80 | rpm-md | http://download.opensuse.org/update/leap/15.5/sle/ |
23 | repo-update | Main Up-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 80 | rpm-md | http://download.opensuse.org/update/leap/15.5/oss/ |
24 | repo-update-non-oss | Update -> | Ja | (r ) Ja | Nein | 80 | rpm-md | http://download.opensuse.org/update/leap/15.5/non-oss/ |
17 | repo-non-oss | Non-OSS-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 81 | rpm-md | http://download.opensuse.org/distribution/leap/15.5/repo/non-oss/ |
19 | repo-oss | Main Re-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 81 | rpm-md | http://download.opensuse.org/distribution/leap/15.5/repo/oss/ |
10 | openSUSE-Leap-15.5-1 | openSUS-> | Nein | ---- | ---- | 82 | rpm-md | hd:/?device=/dev/disk/by-id/usb-General_USB_Flash_Disk_... |
3 | https:download.opensuse.orgrepositorieshome:Evoka015.5_fuer_freeplane | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 85 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/home:Evoka0/15.5 |
4 | https:download.opensuse.orgrepositorieshome:ahmedmoselhi2:branches:video15.5_fuer_libx265-199 | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 85 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/home:ahmedmoselhi2:branches:video/15.5 |
5 | https:download.opensuse.orgrepositorieshome:edogawa15.5_fuer_pdftk-gui | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 85 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/home:edogawa/15.5 |
6 | https:download.opensuse.orgrepositorieshome:fusionfuture:joplin15.5 | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 85 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/home:fusionfuture:joplin/15.5/ |
7 | https:download.opensuse.orgrepositorieshome:uwemock15.5_fuer_jes | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 85 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/home:uwemock/15.5 |
8 | https:download.opensuse.orgrepositoriesnetwork:im:signal15.5network:im:signal.repo | https:/-> | Ja | (r ) Ja | Nein | 85 | rpm-md | https://download.opensuse.org/repositories/network:im:signal/15.5/ |
11 | repo-backports-debug-update | Update -> | Nein | ---- | ---- | 90 | NONE | http://download.opensuse.org/update/leap/15.5/backports_debug/ |
13 | repo-debug
[ Rest irrelevant und deaktiviert ...]
So. Nehmen wir als Beispiel nun Repo 6 für Joplin.
**zypper search -s -i -r 6**
Repository-Daten werden geladen...
Installierte Pakete werden gelesen...
**Keine passenden Objekte gefunden.**
Da ich in dem Fall aus der URL weiß, dass ich es für das Paket joplin-desktop habe, kann ich in Yast nachsehen, welche Version von welchem Repo installiert ist.
Und ja, dort steht “2.12.19-lp155.1.1 vom Anbieter obs://build.opensuse.org/home:fusionfuture (installiert)”
Und es steht eine neue Version zur Verfügung: ‘2.14.22-lp155.1.1’.
Woher kommt der Widerspruch?
Bei Signal war mir das Gleiche passiert. Da wurde ich natürlich stutzig und habe natürlich aufgehört, zu löschen. (Für manche Repos, die genauso aussahen, zu spät, siehe oben.)
Repo home:fusionfuture habe ich zu keinem Zeitpunkt gelöscht, auch wenn die Ausgabe hier leer war.
Bei Signal habe ich das Repo auch nicht gelöscht, aber das Paket inzwischen aktualisiert.
Seitdem lautet die Ausgabe bei gleichem Befehl:
$ zypper search -s -i -r 8
Repository-Daten werden geladen...
Installierte Pakete werden gelesen...
S | Name | Type | Version | Arch | Repository
---+-------------------+-------+------------------+--------+-----------------------------------------------------------------------------------------
i+ | signal-desktop | Paket | 7.14.0-lp155.1.1 | x86_64 | https://download.opensuse.org/repositories/network:im:signal/15.5/network:im:signal.repo
i | signal-libringrtc | Paket | 2.44.0-lp155.1.1 | x86_64 | https://download.opensuse.org/repositories/network:im:signal/15.5/network:im:signal.repo
Es sieht also so aus, dass zypper se -sir REPOPNAME|NUMMER|URL genau genommen anzeigt, welche Pakete in der exakt gleichen Version sowohl bei mir als auch im Repo vorhanden sind. Richtig?
Wenn die Anzeige leer ist, darf ich daraus jedoch offensichtlich nicht zweifelsfrei schließen, dass dieses Repo dennoch die Quelle für ein installierten Paket sein kann.
Normalerweise ist da ja kein Unterschied, wenn die Pakete der Repos alle aktuell sind… Das erscheint stimmig.
Dennoch wüsste ich gern, ob es einen Weg gibt, in dem man die Abhängigkeit zuverlässiger feststellen kann.
Nach dem Löschen kann man es mit zypper pa --orphaned feststellen. Für davor wäre eine Variante davon im Konjunktiv hilfreich, etwa in der Art: Welche Pakete würden verwaisen, wenn dieses Repo gelöscht würde. 
Kennt ihr so etwas?