Hola. Yo por ahora uso Discover, no he probado ninguna de las dos aplicaciones que mencionas. En principio, Configuración del sistema es suficiente para configurar, pero es cierto que para el cliente de Cockpit sí que he tenido que usar Flatseal. Todo esto en Plasma.
Aunque es una opción que no creo que te interese mucho, lo cierto es que está ahí: hay dos servicios para systemd y dos temporizadores(1).
- update-system-flatpaks.service y update-system-flatpaks.timer se encargan de gestionar la actualización de flatpaks de sistema.
- update-user-flatpaks.service y update-user-flatpaks.timer se encartan de la actualización de flatpaks de usuario.
Tampoco es que lo haya usado mucho. Una de las cosas que tiene es que incluye software privativo. También podéis ver un tema mío sobre cómo no tengo la menor idea de cómo usar aplicaciones flatpak para usar mi escáner.
(1) SDB:Systemd service - openSUSE Wiki y SDB:Systemd timers - openSUSE Wiki , respectivamente.