Hola:
Cuando haces en consola un zypper up ( dup,etc) y te sale al principio una lista de archivos que dice que no se instala, no debes preocuparte, dale a yes para que instale lo demás .
Si hubiese un problema, por ejemplo pongamos que actualice pakagekit, no te dejaría instalar o actualizar .
Las causas pueden ser varias, pero como se comprueba que no haya dependencias, no ve necesario instalar eso ; o bien el soft, que tienes cumple con los requisitos, o usa una versión inf. o ese paquete en particular lo has bloqueado.
En mi caso he bloqueado los texlive, y cuando sale, dice que no se instalaran , otros, porque se ha actualizado un paquete, pero requiere de otro que aún no lo a hecho (hay que darle tiempo, el S.O. se mantiene de muchas partes, gnome,plasma, el núcleo,etc, y a veces ocurre que uno se adelanta y el que va actualizar puede decir que requiere de tal o cual cosa, que aún no la han sacado) .
Si hubiese problemas, se usa zypper verify o zypper ve , para comprobar dependencias (en este caso sudo zypper ve) .
Por lo demás podrás observar que se ejecutan scripts en medio de las actualizaciones para comprobar eso y al final también lo hace, uno de los mas usuales es dracut , para renovar o reacer los initrd initramfs, etc (kernels, cambios de grub, etc, lo veras como aparecen en letras de color azul) .
Si sale un determinado archivo, que no quieres instalar , (porque usas otro) lo marcas como tabu, o no instalar (puedes hacerlo desde el instalador de yast) , cuando hagas un zypp , ese archivo si tiene actualización saldrá como que no se instalará .
Resumiendo, si un archivo no se deja instalar, lo puedes bloquear temporalmente, para actualizar el resto, y cuando se solucione ese problema con ese archivo, lo desbloqueas (a veces puede ser un problema de ese archivo y no actualizarse , hasta que sea necesario ) .
Saludos .