Нашел в зарубежных форумах: оказывается много-чего 3-й версии не запускается и пишет такие-же ошибки. Оказывается для работы нужно установить пакет gsettings-desktop-schemas. А вообще странно что при установке они не “потянулись” автоматом, я же ставил в 1-клик, а не из сырцов. Хотя, если запускать из консоли, то видно, что старые проблемы с модулями остались:
Gtk-Message: Failed to load module “canberra-gtk-module”
Gtk-Message: Failed to load module “gnomesegvhandler”
Там поиск прикольнее сделан, с верху вываливается. и вроде подсветка при поиске по всему тексту, не помню было раньше или нет.
Вообще конечно не ставя gnome 3 с gedit.gtk3 возится смысла нет.