Yo particularmente, respaldo mi usuario $HOME entero.
De $HOME no has mencionado directorios ocultos muy importantes a respaldar si no quieres reconfigurar todo como:
./config y ./local ambos con configuraciones tanto de Plasma como de muchas otras cosas.
./mozilla con todas tus preferencias, marcadores, contraseñas, etc de Firefox u otros productos Mozilla.
Y otra preferencia mia es tener /home entero en una partición distinta. Que además está en un disco distinto, aunque antiguamente estaba en una partición distinta del mismo disco de / .
Saludos