La virtualización es un lío por definición 
Mira la captura de estas 3 máquinas:
La primera es un w7 que instalé para probar algo algún día, no me he molestado en hacer ningún ajuste. Usa qcow2 y SATA.
La segunda es un w7 de un disco viejo, esto es: un equipo que tenía W7 instalado con software de W7 y que yo heredé. Algún día lo borraré, aunque el disco ya está un poco hecho polvo así que igual lo tiro directamente. Lo tengo en RAW porque además lo que uso de disco es el propio disco, como puedes ver en la directiva source.
El tercero es un W11 que uso para hacer pruebas, pero que a diferencia de la máquina W7 sí tiene que tener un rendimiento mejor. Así que en lugar de SATA uso Virtio.
En mi caso, suelo instalar Qcow2 en lugar de RAW porque virt-manager usa eso por defecto. Se supone que RAW es más rápido y tal pero me da que la diferencia hoy en día tampoco es mucha. Qcow2 por su parte deja hacer snapshots y algunas cosas más que yo no uso, así que ha ves 
Imagina que tienes dos particiones XFS y BTRFS en tu máquina virtual: los snapshots de snapper no afectarán al disco XFS. Pero de todas formas tampoco afectan a las carpetas del sistema de ficheros / que tengan subvolúmenes, etc.
Por su parte, Qemu hace copias de toda la máquina, tal cual. Esa máquina puedes emplearla como copia de seguridad, pero también como base para otras máquinas virtuales. Y al sistema en sí le importa muy poco lo que hay debajo: Si tu disco es ext4, Qemu hará su snapshot exactamente igual que si tienes una máquina con varios discos (virtuales).
Piensa en las dos máquinas W7 que he ilustrado. En la primera, hay un fichero. Incluso si fuese RAW tendría el asunto de que es un fichero, manejado por el sistema de ficheros -y depende de dónde lo guarde o cómo configure las cosas, puede estar sujeto a los snapshots de btrfs; en cambio en el otro, el driver de la máquina virtual maneja el disco directamente. Es un poco como usar memoria virtual por defecto en una partición (como Linux) o en un fichero (como Windows).
Por supuesto, hay más combinaciones. Por ejemplo, no tienes por qué tener las instantáneas en ningún sitio manejable con Snapper, y usar Qemu para manejar las instantáneas.
Ah, sí, las máquinas virtuales con Linux las tengo con qcow2 y dentro uso btrfs etc.