Тема так, для галочки.
Некоторые приложения разворачиваются из трея не на текущем рабочем столе, а на том, где были запущены (а Compiz соответственно переключает на этот рабочий стол). Баг однако! Только не знаю, какого приложения- Metacity, gnome-panel, Compiz?