В чем может быть проблема, Run command диалог, что по alt+f2 тормозит жутко при вводе первых нескольких букв. OpenSuse 11.3 x64, gnome 2.30.
Слишком много плагинов, наверное. Или один из них сильно тормозной. Покопайтесь в настройках этого диалога, вероятно, кое-что надо поотключать.
Гадать можно долго, а можно просто установить другой лаунчер, к примеру Synapse.
смотрите при этом в ~/.xsession-errors
Ошибок в ~/.xsession-errors не возникает. Как и при сохранении файла из firefox (не важно, третий или четвертый), при этом firefox так же, как и меню запуска замирает на несколько секунд полностью. В чем дело, ума не приложу. Ни с какими другими программами такого не наблюдается, системой пользуюсь с ноября, всегда “up to date”. 
Проблемы проявились практически сразу, и, кстати, были всегда, сколько пользуюсь OpenSuse и указанными программами.
По Firefox - если файл сохранять плагинами, например, Down Them All, замирания не происходит, хоть и сохраняется в ту же папку.
монтируются ли в домашний каталог или вообще в систему сетевые разделы?
при потере соединения на сетевое устройство файловая система частенько тормозить начинает
тормоза при alt+f2 связаны с рефрешем списка программ, похоже там с кешированием не очень хорошо
кстати список вариантов отображается? для него еще и иконки надо подгружать…