Почему в linux (если я не ошибаюсь то и в UNIX тоже) сделана файловая система так что все в одной папке?
Если есть несколько разделов на диске то логично сделать для каждого отдельную папку которая будет являться началом пути. Если есть раздел с корневой папкой в которой находятся еще другие разделы то получается все что есть на компьютере находится в разделе с корневой папкой (логически это выглядит так). Смысл был изначально делать в linux такую иерархию, что все визуально находится в одной папке но фактически в разных разделах просто монтируется туда, это как то лучше чем каждому устройству своя папка являющаяся началом пути?
Как раз, так логичнее, что файловая иерархия выстраивается по функционалу. Каждая директория имеет своё назначение и не зависит от носителя, на котором расположена. Гибкости больше в управлении.
Статья объясняет. http://ru.wikipedia.org/wiki/FHS
Кстати, run из /var в корень вынести планируют](http://www.opennet.ru/opennews/art.shtml?num=30080).
Типичный пользовательский подход. В мире UNIX/Linux наоборот - чаще можно встретить “одну папку” на нескольких дисков, объединенных некой абстракцией.
Кстати в windows тоже есть такая возможность монтировать раздел в как папку на диске, и на серверах очень часто применяется. Это очень гибкий подход, единственное неудобство\путаницу которое может вызвать подход, это контроль свободного места. 
Скажите пожалуйста, а в чем для вас заключается удобство использовать такую иерархию? Какие для вас плюсы и минусы?
Как я уже говорил это гибкость. Благодаря тому что папки никак не связаны с разделами жесткого диска, да и вообще с диском. И если договорится что папки имеют определенный функционал, например etc с настройками или video, и прописать во всех программах пути (в зависимости от функции папки а не места где она физически находится). В пути не указывается раздел диска, а значит его можно очень просто поменять не меняя, все настройки. Чаще конечно этим пользуются администраторы, а не пользователи. Но все таки попробую представить пример подобного использования для домашнего виндовс компьютера. У нас есть один диск. Компьютер игровой мы установили кучу игрушек в папку \games, конечно игры при установки прописали пути где они стоят. Место на на винчестере закончилось, купили еще один, в два раза больше, хотим на него перенести папку games. В случае когда путь не начинается с C:\ мы просто перенесли все файлы на новый диск и подключил раздел нового диска в эту папку, А если путь начинается с С:\ то что бы перенести папку на D: и все игрушки работали, надо поменять все пути у ярлыков, в реестре и т.п.
Спасибо, очень хорошее описание.