eine Möglichkeit wäre, über die Dateien jeweils eine Checksumme zu bilden. Die kann ich dann später neu berechnen und vergleichen. Hat sie sich verändert, hat sich die Datei verändert. Allerdings darf man bei jedem Update die Checksummen neu bilden, da Updates ja die Dateien überschreiben. Hier findest Du Anregung, wie das geht:
Was sind denn deiner Meinung nach die wichtigen Systemdateien?
Also zur Überwachung meiner Systeme verwende ich AFICK oder Tripwire um die Dateien zu überwachen. Manmal reicht mir aber auch ein "rpm -V <paketname>.