Ok, esto es raro y no estoy completamente seguro de qué fue lo que pasó, pero ya puedo escribir letras con acentos de nuevo en las aplicaciones que mencioné (por cierto, una de ellas que olvidé mencionar era el editor de textos de gnome).
Parece ser que lo que funcionó fue ir a Configuraciones → Teclado → Cambiar fuentes de entrada y alternar la configuración, efectívamente dejándola exactamente como siempre estuvo. Luego probé a escribir acentos y ya pude.
Otras cosas que intenté hoy por revisar otros casos similares a este en el foro fue instalar el paquete ibus pero sinceramente eso no tuvo ningún efecto así que lo desinstalé (al final del día nunca lo he tenido, no tendría por qué necesitarlo ahora).
Voy a enlazar aquí otros casos de esto solo por completitud.