Manera recomendada de aplicar actualizaciones Leap

Buen día
Normalmente uso zypper ref & up para instalar las actualizaciones semanalmente, pero sé que también se puede usar Yast y Package kit; ¿por qué puede suceder que se reporta una actualización en uno (package kit) y al correr zyper ref & up no se instala ni reporta dicha actualización?
¿qué método es mas recomendable?
¿se puede desactivar package kit? usa la ruta /usr/bin/gpk-update-viewer

Mi recomendación es que lo actualices usando los comandos zypper ref & zypper up y utilices Packge solo como notificador de que tienes actualizaciones, si te da igual que te notifique o no, puedes desinstalar Package.
La diferencia de ambos, es que Package te notifica continuamente actualizaciones que no se van a instalar porque deberás migrar el/los paquete/s de un repo a otro y eso solo lo puedes hacer desde Yast o con zypper update

Ya veo, son los paquetes que usando zypper aparecen bajo una leyenda estilo "las siguientes X actualizaciones no se van a instalar: " y eso es debido a que en mis repositorios está priorizado uno que tiene un paquete más antiguo que otro repositorio con el paquete más actualizado (pero menor prioridad). ¿estoy en lo correcto?

Siempre es eso.

Yo tenía ese problema con el conjunto de paquetes de Appstream que están tanto en Qt5 como en Frameworks5. Al igual que con el conjunto de paquetes de signon que están tanto en Qt5 como en Gear (este es el antiguo KDE Applications)

Tenía en Qt5 una prioridad de 91 y en Frameworks5 una prioridad de 92. Al final lo solucioné poniendo a Qt5 una prioridad de 94 (93 para Gear y 95 para KDE Extra).

Así siempre tengo las versiones actualizadas de Appstream y signon.

Saludos

Estas en lo correcto.
A mi también me ocurre lo mismo que a ti, y siempre miro de donde procede la versión nueva y si me interesa lo actualizo. Últimamente, me esta saliendo paquetes nuevos que proceden de otros repos que quiere sustituir a los instalados que proceden de Packman, ni de c**a pienso instalarlos cambiado el repo.
A diferencia del compañero @krovikan no tengo repos de KDE y no tengo que andar jugando con las prioridades para hacer un ajuste fino.