Voy a contar la forma en que logré configurar los atajos de Krita en el driver oficial de la pantalla digital artist 12 3rd de Xp-Pen.
Lo que hay que hacer es añadir el mapa de teclado Inglés, seleccionarlo y configurar en el programa de XP-Pen las teclas como si las usáramos en el mapa en Español. Guardar la configuración y volver al mapa de teclas español.
No es muy obvio pero es la manera en la que funciona. 