Как удалить повторяющиеся иконки программ из меню Gnome?
Как выидно из рисунка повторяются иконки Banshee.
Если зайти через “Обзор”–“Приложения”, то там нет повторения иконок.
Думаю что это баг соответствующего плагина меню. И в идеале надо писать баг репорт автору плагина. Так как плагин скорей всего отображает абсолютно все элементы меню в том числе и отключенные. Он этого делать не должен. Проверить можно запустив программу “Главное меню” через меню 
или с помощью команды “alacarte”, все увидете сами. Кстати там же можно и удалять ненужные элементы, но повторюсь скорей всего это баг в плагине.
to Gankov
Вы абсолютно правы.
Отключенные программы в “Главном меню” тоже отображаются в списке программ.
При удалении дубликатов программ из “Главное меню” они так же удаляются из меню программ.